فرار از زندان فصل سوم (نام اصلی : Prison Break) کوتاهترین فصل آن است که تنها ۱۳ قسمت دارد. در این فصل باز هم قهرمان محبوب داستان مثل فصل ۱ باید از زندان فرار کند. با این تفاوت که نه مثل فصل ۱ نقشه زندان را دارد و نه زندان نگهبانی درستی دارد. گروهی از زندانیان مدیریت زندان را بر عهده گرفتهاند و در دعواهای دو نفره اختلافات را حل میکنند. در فصل سوم مایکل اسکافیلد به جرم قتل به زندان میافتد طی این مدت سازمان سارا و الجی را گروگان میگیرد و از مایکل میخواهد که یکی از افرادشان به نام جیمز ویسلر را فراری دهد. در این فصل سازمان برای زهر چشم گرفتن از مایکل سر زنی را به لینکلن باروز برادر مایکل نشان میدهد و ادعا میکند که این سر سارا تانکردی است و آنها سارا را کشتهاند. مایکل با شنیدن خبر کشته شدن سارا تصمیم میگیرد تا بعد از خروج از سونا انتقام او را از افراد سازمان بگیرد.